Les premiers vestiges recueillis proviennent du désert thébain ; ils remontent à environ deux millions d'années. Vers 7500 ans av. J.C., probablement à la suite d’un changement climatique, l’Égypte voit le développement de l’agriculture, de la vannerie, de la poterie et de la pierre polie. Vers 4500 ans av. J.C., plusieurs cultures apparaissent en Haute et Basse-Égypte, deux terres au fort contraste : au Sud, le « pays rouge » désertique et montagneux occupé par des chasseurs et des éleveurs nomades ; au Nord, le « pays noir » des terres alluviales, occupé par des paysans sédentaires. Ces cultures perdurent jusqu’à l’unification de l’Égypte - les Deux Terres - par Narmer, vers 3000 av. J.C.